这两种花在以下方面有所不同：形态：芙蓉花茎有星状毛或短柔毛，叶大，近圆卵形，边缘呈钝锯齿，两侧有黄褐色绒毛，花大且美丽；牡丹茎高2米，枝条粗短，顶生小叶宽卵形，表面绿色，无毛。分布区域：芙蓉花分布于四川、云南、山东等地，而牡丹全国各省均有种植。功效：芙蓉花具有清热凉血、消肿排脓等功效，牡丹可用于调经活血。

一、形态各异
1、芙蓉花：茎具星状毛或短柔毛。叶大，阔卵形接近圆卵形，掌状5~7裂，边缘有钝锯齿，两侧有黄褐色绒毛，花大而美丽，生于枝梢，单瓣或双瓣，花梗长5~8cm，出生小苞8枚，萼短，钟形，10~11月开花，早晨开花时呈乳白色或粉红色，晚上变成深红色。
2、牡丹：茎高2米；枝条短而粗。叶子通常是二回三出复叶，偶尔靠近枝顶的叶子是3小叶；顶生小叶宽卵形，表面绿色，无毛，背面淡绿色，有时有白粉，侧生小叶窄卵形或长圆卵形，叶柄长5~11厘米，与叶轴无毛。 二、分布区域不同
1、芙蓉花：原产于中国，四川、云南、山东等地均有分布，而以成都为主，历史悠久，因此成都又有“蓉城”的称号。芙蓉花喜欢温暖潮湿的气候，喜欢阳光，适应性强。
2、牡丹花：牡丹是中国十大名花之一，有几千年的自然生长和1500多年的人工栽培历史。全国各省都有种植，其中菏泽、洛阳、北京种植面积最大、最集中。 三、功效各异
1、芙蓉花：芙蓉花、叶、枝、根均可入药，具有清热凉血、消肿排脓等功效，适用于热疮、疮痈、乳痈、肺热咳嗽、肺痈等疾病；也可用于血热引起的崩漏，常与莲蓬壳配合使用。
2、牡丹：含黄芪苷，除观赏外还可用于调经活血。牡丹皮具有抗菌、抗炎、抗过敏、抗肿瘤、止血、祛瘀、清热解毒、镇静、镇痛、解痉等活性，还能促进单核细胞吞噬功能，提高机体特异性免疫功能。