现存的大熊猫种类有四川大熊猫和秦岭大熊猫两个亚种。根据DNA研究显示，这两种大熊猫属于近亲关系，但因受到嘉陵江的阻隔以及人类活动的影响，它们12000年前便不再往来了。
秦岭大熊猫仅占大熊猫总数量的18.5%，它们比四川大熊猫更为原始，并具有独立的进化历程。秦岭大熊猫的栖息地比较狭窄，生存情况更为濒危。
四川亚种与秦岭亚种的外表有许多所不同，其中最明显的区别是它们毛发颜色的差异。秦岭大熊猫的胸斑及腹毛皆为棕色，四川大熊猫则是有着黑色的胸斑和白色的腹毛。
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